１６日未明から相次いだ地震により、熊本県を中心に交通網などに大きな影響が出た。橋やトンネルが崩落し、道路の寸断で被害確認が進まない地域も。熊本空港の発着便は全便欠航となり、ＪＲ九州も多くの路線で運転を見合わせた。
国土交通省によると、南阿蘇村では大規模な土砂崩れがあり、国道５７号やＪＲ豊肥線が寸断、阿蘇大橋が崩落した。熊本市から阿蘇市方面に向かう主要な交通手段が断たれ、救助活動などに支障が出る恐れがある。熊本県によると、南阿蘇村と西原村にまたがる俵山トンネルも崩落した。
国交省によると、熊本空港は１６日、ターミナルビルが終日閉鎖されるため、航空各社は発着全便の欠航を決めた。日航は２４便、全日空は３２便が欠航し、計約６千人に影響した。
九州新幹線は１４日夜の地震の影響で既に運休している。
九州自動車道、大分自動車道など九州の高速道路は各地で通行止めとなった。
