これに対し、三ツ林裕巳内閣府副大臣は「しっかりと受け止め、対応したい」と答弁した。
学術会議は、防衛装備庁が２０１５年度に始めた、軍事転用可能な基礎研究を助成する「安全保障技術研究推進制度」にも反対している。前出の声明の影響か、いったん採択された研究を途中で辞退する大学もある。
自民党の下村博文政調会長は「（学術会議の）答申は０７年以降、勧告も１０年以降出されていない」「学術会議としての活動が見えない」と批判している。
山谷氏は委員会終了後、夕刊フジの取材に応じ、「防衛の基礎研究を縛れば、日本の防衛力の整備は立ち遅れる。学術会議は、最先端技術は『軍民のデュアルユース（両用）』が現実だという認識を持つべきだ。政府・自民党内で今後、若手の研究者らの意見を十分に聞き、行政改革の視点も入れて、学術会議を新たに作り直すための議論を急ぐべきだ。英米のように民間（民営化）でもいい。すべては国民の安心につなげるためだ」と語った。
